В 1990 - 2000 годах отдел реставрации музейных коллекций наиболее активно начал вести реставрационные работы, когда в музее проходили реконструкция главного усадебного дома, строительство нового фондохранилища, подготовка новых постоянных экспозиций «Пушкин и его эпоха», «Пушкин в движении эпох». За это время было отреставрировано около 7000 предметов, представляющих историческую, культурную и мемориальную ценность. В руках реставраторов побывали почти все вещи, входящие в экспозиции «Мемориальной квартиры А.С. Пушкина на Арбате» и «Мемориальной квартиры Андрея Белого».
В начале нового тысячелетия реставрационный отдел музея начал подготовку предметов для будущей экспозиции в доме В.Л. Пушкина на Старой Басманной улице.
